Zerohours: OpenBUGS

OpenBUGS(for Windows)のインストールと使用方法

OpenBUGSはフリーソフトであり、Windows版やLinux版がある。OpenBUGSには、単体で使用する方法と、Rに組み込んで使用する方法がある。RからBUGS（OpenBUGSやWinBUGS14）を利用するには、パッケージR2WinBUGSあるいはBRugsなどをインストールしておく必要がある。

１．Rに組み込んで使用する方法
１）Rを起動し、「パッケージ」－「パッケージの読み込み」をクリックする。

２）R2WinBUGSを一覧から選択し、OKを押す。

３）インストールが完了すると、次のようにR2WinBUGSがRのライブラリーに追加される。（パッケージBRugsも同様にすればインストールできる。）

注）ライブラリR2WinBUGSを使用してRからBUGSを実行するには、別途下記のURLよりフリーソフトWinBUGS14（現在の最新版はWinBUGS1.4.3）をダウンロードして保存し、bugs関数においてbugs.directory="c:/Program Files/WinBUGS14/"のようにディレクトリを指定する。
http://www.mrc-bsu.cam.ac.uk/bugs/
あるいは、WinBUGS14を使用せず、OpenBUGSを使用する場合は次の２通りの方法がある。いずれもRのライブラリBRugsをインストールしておく必要がある。
１：bugs関数においてbugs.directoryを指定する代わりにprogram = "openbugs"を指定する。
２：bugs関数の代わりにopenbugs関数を用い、bugs.directory="c:/Program Files/OpenBUGS/と指定する。
このようにすれば、RはBRugsをロードし、OpenBUGSが実行される。OpenBUGSはBRugsに含まれているので、別途ダウンロードする必要はない。
なお、以上はライブラリR2WinBUGSを使用する場合であるが、ライブラリBRugsを使用したBUGSプログラミングも可能である。

２．単体で使用する方法
１）OpenBUGSのホームページ
~~http://www.mathstat.helsinki.fi/openBUGS/~~

http://www.openbugs.info/w/

からOpenBUGS(~~zipファイル~~)をダウンロードする。

（Windows用にはセットアップ用実行ファイルがダウンロードできる。）
２）~~ダウンロードしたzipファイルを適当なフォルダに解凍する。~~
３）~~フォルダ内の実行ファイルwinbugs.exeをクリックするとWinBUGSが起動する。~~
（以下、WinBUGSとあるのはすべてOpenBUGSに修正。）

４）例として、Examplesにある例題を実行する。WinBUGSのファイルは拡張子がodcのファイルである。「File」－「Open」をクリックし、Examplesのフォルダを開く。

５）その中のファイルSeeds.odcを開く。

６）画面をスクロールし、下方にあるmodelを表示する。

７）メニューの「Model」－「specification」をクリックする。

８）画面上のmodelの文字をマウスで選択してハイライトし、「Specification Tool」の「check model」をクリックする。modelに文法的な誤りがなければ次のような表示画面（左下のメッセージに注意）となる。

９）画面を更に下方へスクロールし、Data、Initsなどを表示させる。

10）Dataをクリックすると、データリストが表示される。listの文字部分をハイライトし、「Specification Tool」の「load data」をクリックする。正常にデータがロードされると下の画面が表示される。

11）modelとdataがロードされた後に、「compile」をクリックする。正常にコンパイルされると下の画面が表示される。

12）続いて初期値をロードする。Initsをクリックすると次の画面が表示される。

13）これまでと同様にlistの文字をハイライトし、「load inits」をクリックする。Chainの数が複数あるときは、chainの数だけ初期値設定をロードする。自動的に初期値を設定するには「gen inits」をクリックすればよい。

14）実行後の結果のグラフなどを参照する準備のため、メニューから「Inference」－「Samples」をクリックして「Sample Monitor Tool」を起動させる。

15）「node」に推定結果対象となる変数を入力する。この例ではalpha0, alpha2, alpha12, tau, sigmaなどである。変数名を入力するたびに「set」をクリックする。入力後はXを押して閉じる。

16）同様にメニューから「Inference」－「Summary」をクリックして「Summary Monitor Tool」を起動し、「node」に変数名を入力する。終了後は右上のXを押して画面を閉じる。

17）以上で準備が完了したので、BUGSを実行するため、Modelのアップロードを行う。メニューから「Model」－「Upload」をクリックする。
18）「Update Tool」が起動するので、サンプル数とburn-in、thinなどを入力する。入力後に「update」を押すとBUGSが実行される。

下は実行後の画面。計算時間も表示される。右上のXを押して画面を閉じる。

19）実行後の結果を見るため、メニューの「Inference」－「Samples」をクリックし、「Sample Monitor Tool」を起動させる。結果を知りたい変数をnodeから選ぶと、下部のボタンがONになるので、trace, history, densityなどをクリックすると結果がグラフ表示される。

20）また、メニューから「Inference」－「Summary」をクリックすると「Summary Monitor Tool」が起動するので、「node」から変数を選び「stat」をクリックするとその変数の統計量が表示される。

注）ODCファイルはmodelやdata等をひとまとめにしたファイルなので、保存や管理に便利であるが、以上の操作を行う場合、ODCファイルを作成していなくても同様の操作は可能である。modelファイルやdataファイル等をテキストファイルとして個々に作成し、それらを同じ作業ディレクトリに保存し、「File」から読み込んで同様の操作をすればよい。

＊ ODCファイルの作成
１） WinBUGSを起動し、「File」－「New」をクリックしてエディタを表示する。